1. El plazo para la emisión del informe de evaluación será de tres meses. La no evacuación del mismo en dicho plazo no impedirá la continuidad del procedimiento sustantivo de aprobación o autorización de los planes, programas o proyectos, si bien en ningún caso podrá entenderse que equivale a la inexistencia de afecciones en los espacios protegidos Red Natura 2000, a los efectos de lo dispuesto en el artículo 46.4 de la Ley 42/2007, de 13 de diciembre. 2. En aquellos casos en los que un plan, programa o proyecto no esté sometido a los procedimientos reglados de evaluación ambiental estratégica de planes y programas, o de evaluación de impacto ambiental de proyectos, y no exista coincidencia con el ámbito territorial de la Red Natura 2000, únicamente deberá ser objeto de informe de evaluación de las repercusiones sobre la Red Natura 2000 cuando así lo determine la dirección general competente en materia de conservación de patrimonio natural en función de los riesgos de afección a la Red Natura 2000.